合同会社売却・M&Aの手続きは難しい？譲渡の方法や税金に関して解説

合同会社の売却は難易度が高く、M&A仲介業者の助けが必要となる場面が多々あるでしょう。

しかしM&Aの仲介業者は多数存在しており、仲介サポートが得意な業界やエリアが大きく異なります。

そのため、どの仲介会社を利用するのかによってM&Aの売却額や成功に大きく影響することから、複数の会社で見積もりをとってみるのがおすすめです。

合同会社の売却は可能？株式会社との違いについても解説！

合同会社の売却は可能です。しかし、株式会社を売却する場合とは異なる点もあります。以下では、合同会社とは何か、また株式会社との違いについて解説します。

合同会社とは

合同会社とは、会社法によって定められる法人の形態の一つです。

合同会社は、2006年に施行された会社法の中で新たに設けられた会社の形態の一つです。アメリカの「Limited Liability Company（LLC）」をモデルとしています。

「Limited Liability Company」を日本語に直訳すると「有限責任会社」となります。日本でも同様に、合同会社は出資者が負う会社の債務に関する責任が有限であるという点から名付けられた会社の形態です。

合同会社の特徴として、出資者と経営者が同一であるという点が挙げられます。

株式会社との違い

合同会社と株式会社の違いとして以下の点が挙げられます。

また上記以外にも、合同会社は設立費用が株式会社と比較して安い点や、設立の手続きが比較的簡易である点も特徴です。以下ではそれぞれの違いについて詳しく解説します。

出資者の扱い｜「所有と経営」

合同会社と株式会社の違いとして、出資者の扱いの違いが挙げられます。出資者とは、会社の設立の際にお金を出す人のことです。

合同会社では、会社の所有者（出資者）と経営者は同一です。株式会社では、所有者と経営者は必ずしも同じではありません。

合同会社において、会社の所有者と経営者が同じである点は、会社の方針などに関する意思決定を行う際にメリットとなり得ます。

株式会社では、重要な決定を行うには株主総会での議決が必要となります。しかし、合同会社では株主総会を開く必要がなく、社員総会によって重要事項の決定を行います。そのため比較的容易に、また迅速に意思決定を行えるというメリットがあります。

また株式会社と違い、合同会社では出資者の決定権が出資額の多寡によって増減しないという点が特徴です。

登記内容

合同会社を設立する際に登記すべき事項は、以下の通りです。

(1) 目的
(2) 商号
(3) 本店及び支店の所在場所
(4) 合同会社の存続期間又は解散の事由についての定款の定めがあるときは、その定め
(5) 資本金の額
(6) 業務執行社員の氏名又は名称
(7) 代表社員の氏名又は名称及び住所
(8) 代表社員が法人であるときは、当該社員の職務を行うべき者の氏名及び住所
(9) 公告方法についての定款の定めがあるときは、その定め 等

引用：法務省公式サイト

合同会社と株式会社では、設立時の登記事項にも違いがあります。

例えば、株式会社の設立時に必要となる発行済み株式数についての記載は、合同会社の設立時には必要ありません。合同会社にはそもそも株式がないためです。

【結論】合同会社の売却は可能

合同会社の売却は可能です。合同会社を売りたい場合、持分譲渡や事業譲渡などの手法を用いることができます。

しかし、株式会社を売却したい場合と比較して、売ることが難しいと言えるでしょう。

合同会社の売却・m&aが難しいと言われる理由

合同会社の売却が難しいと言われる理由として、主に以下の4つが挙げられます。以下ではそれぞれの理由について解説します。

買い手が見つかりにくい

合同会社の売却が難しい理由として、買い手が見つかりにくい点が挙げられます。以下では買い手が見つかりにくい理由の例を挙げます。

上記で示したように、合同会社を買うことにデメリットがあり、メリットが薄い場合がある点が、買い手が現われにくい理由と言えるでしょう。

社員全員の合意が必要

合同会社の売却の際には全社員の合意が必要である点が、売却の難易度を上げています。

合同会社の持分を譲渡するためには、原則社員全員の同意が必要です。そのため、社員の中に1名でも合同会社の売却に反対した場合、持分譲渡による会社売却はできません。

この点は、社員が一人の合同会社の売却の際には問題とはならないでしょう。

会社形態の変更にも合意が必要な場合がある

合同会社を株式会社に組織変更したのちに売却することも可能です。株式会社にすることで、買い手が見つかりやすくなる可能性があります。

しかし、合同会社を組織変更したい場合にも、全社員の合意が必要となります。誰か一人でも組織変更に反対する社員がいた場合、変更することはできません。

そのため、会社形態を変更してから売却するという手段はありますが、この手段も難易度は高いと言えます。

しかし、株式会社に変更してから売りに出すことで、買い手を見つけやすくなる可能性はあります。社員の同意が得られている場合、株式会社に変更するメリットはあると言えるでしょう。

事業譲渡の場合は半数の合意が必要

合同会社を売却したい場合、持分譲渡と比べ事業譲渡は難易度が低いと言えるでしょう。事業譲渡とは、会社の事業の一部もしくは全部を他の会社に譲渡することです。

合同会社が事業譲渡を行いたい場合、社員の半数の合意が必要となります。社員全員の合意が必要な持分譲渡や会社形態の変更と比較し、達成しやすいと言えます。

しかし、綿密な計画や納得感のある説明を行わないと、社員の合意を得られない可能性がある点に注意が必要です。

加えて買い手視点からすると、事業の買収が保証されるまでに時間がかかってしまいます。そのため、合同会社の事業の買い手は見つけにくい場合があります。

合同会社の売却方法一覧｜事業譲渡が現実的

以下では、合同会社を売りたい場合に用いることのできる手法（スキーム）について解説します。

事業譲渡

合同会社を売りたい場合、事業譲渡を行うことが現実的と言えるでしょう。事業譲渡とは、会社の事業の一部もしくは全部を他の会社へ譲渡することです。一般的には対価として現金が支払われます。

事業譲渡を行いたい場合、本記事上部で解説したように社員の半数の同意が必要となります。他の手法を用いたい場合、全社員の同意が必要となる場合があるため、合同会社の売却においては事業譲渡が難易度の低い手法と言えます。

事業譲渡の場合、会社の事業の中で売却する事業を選択することが可能です。そのため不採算事業のみを売却し、会社の立て直しを図る目的で事業譲渡を行うことも可能です。

株式会社に変更後売却

合同会社を売却する際に、株式会社に変更したのち株式譲渡を行う手法が用いられる場合があります。株式譲渡とは、会社の発行している全株式の半数以上を譲渡することで会社の経営権を買い手側に渡す手法です。

株式会社に変更することで、買い手を探しやすくなるメリットがあります。

しかし、合同会社を株式会社へ形態変更するためには、全社員の合意が必要となる点に注意が必要です。とりわけ人数の多い会社の場合、意見がまとまらず、形態変更を行えない可能性があります。また、手続きの手間が多くなってしまう点にも留意する必要があります。

持分譲渡

合同会社を売却する際に用いられる手法として、持分譲渡が挙げられます。

合同会社における持分とは出資者へ与えられるものであり、株式会社における株式に近しいものです。会社法の定めにより、原則的に持分を他人へ譲渡する際には全社員の合意が必要であるとされています。

社員数が一人もしくは少人数である場合、持分譲渡は手間の少ない有力な選択肢となります。株式会社における株式譲渡のように、包括的に会社の売却を行えるためです。

しかし、社員数の多い合同会社を売却する場合、持分譲渡は難易度の高い手法と言えます。一人でも反対する社員がいた場合、持分を譲渡することができないためです。

吸収・新設合併

合同会社を売却する際に、合併という手法が用いられる場合があります。合併とは、2つ以上の会社が1つの会社となることです。

既存の会社が存続する場合の合併を「吸収合併」と呼びます。新設の会社が存続する場合には「新設合併」と呼ばれます。

合同会社は、合同会社同士のみでなく、株式会社や有限会社との合併が可能です。ただし、有限会社を合併後に存続する会社とすることはできません。

基本的に、合同会社が合併を行う場合には全社員の合意が必要です。これは、その会社が消滅する場合でも、存続する会社となる場合でも同様です。

そのため、合同会社を売却する手法としては持分譲渡などの手法と比較しても難易度は高いと言えるでしょう。

合同会社の売却を事業譲渡で行うメリット・デメリット

以下では、合同会社を事業譲渡によって売却する際に考えられるメリットやデメリットについて解説します。

メリット

合同会社が事業譲渡を行うメリットの例として、以下のものが挙げられます。

持分譲渡によって合同会社を売却したい場合、全社員の合意が必要となります。しかし事業譲渡を用いる場合には、社員の半数の合意があれば売却が可能です。そのため、売却に同意しない社員がいる場合であっても、事業譲渡であれば行うことができる可能性があります。

また、事業譲渡では、売却する事業を選択することができる点もメリットと言えます。不採算事業を切り離す目的での売却を行うことが可能です。

また、事業を個別に売りに出すことで買い手が探しやすくなるケースもあるでしょう。

デメリット

合同会社が事業譲渡を行うデメリットの例として、以下のものが挙げられます。

事業譲渡を行う場合、資産を包括的に買い手に移転することはできません。不動産や各種契約などをそれぞれ移転する必要があり、手続きが煩雑になる可能性があります。

また事業譲渡の場合、負債が無条件でそのまま引き継がれるわけではありません。売却時の交渉にもよりますが、負債を引き継いでもらえない可能性がある点に注意が必要です。

しかし負債に関しては、事業売却時に得た利益によって返済できる可能性があります。

合同会社の事業譲渡での売却手続き・流れ

以下では、合同会社が事業譲渡を行う際の売却手続きの流れについて解説します。事業譲渡の大まかな流れは以下の通りです。

移転手続きには、取引先や従業員との再契約を行うことが含まれます。個別の契約それぞれに対して移転手続きが必要となるため、時間のかかる作業となる場合があります。

合同会社の売却にまつわる税金・税率

以下では、合同会社を売却する際に生じる税金について解説します。

合同会社の持分譲渡を行った場合、売却金を受け取るのは個人（出資者）となります。この場合、個人が株式を譲渡した場合と同様に、売却益に対し合計税率20.315％の所得税と住民税、復興特別所得税が課されます。

売却益とは、持分の売却金額から持分取得時に払った金額や必要経費を引いた額を指します。税金の内訳は、所得税15%、住民税5%、復興特別所得税0.315%です。

合同会社が事業譲渡によって得た利益には、株式会社と同様に法人税がかかります。法人税率に関しては、法人の規模や利益額によって異なります。

また、事業譲渡の場合、買い手側に消費税がかかることにも注意が必要です。消費税は売り手側が納める必要があるため、事前に税額を把握しておくことが重要となります。

【2025年最新】合同会社売却の事例

YSI株式会社がオリジナルブランドのアクセサリーを販売する合同会社SIRI SIRIが保有する全ての株式を取得し、子会社化しました。

株式会社YSIは、韓国の化粧品OEMや健康雑貨や化粧品の受託事業を展開する企業です。

本件のM&Aで、株式会社YSIは合同会社SIRI SIRIの持つノウハウやブランドを活用し、新商品の開発に注力する方針です。

出典：M&A Cloud

合同会社の売却に関するよくある質問

合同会社の売却価格は？

合同会社を売却する際の価格は、企業の売上、利益高、事業の将来性など様々な要素を加味した上で交渉によって決められます。

一般的に会社を売る際の売却価格相場としては、「営業利益2～5年＋純資産」程度と言われています。しかし、企業価値の算出方法には様々な種類があります。また、売却価格は各会社の状況や売却のタイミングによっても異なります。

そのため、上記の相場は目安程度とし、実際に自分の会社の売却価格が幾ら程度になりそうか知りたい場合、M&A仲介業者などに見積もりを依頼してみることをおすすめします。

合同会社の売却に必要な書類は？

合同会社の売却に必要な書類は、会社の事業の業種、売却の手法や契約内容などにより異なります。

売り手を探すタイミングにおいては、自社の状況を伝えアピールするため、事業計画書などの資料が必要となる可能性があります。

売却に向け交渉が始まった段階においては、会社の基本的な情報がわかる資料や人事、財務に関する詳しい資料を求められるでしょう。

また、契約締結時には、各契約書を揃える必要があります。

しかし、必要書類に関して一概にいうことはできないため、M&A仲介業者などの専門家に相談することをおすすめします。